Génové technológie odporujú zásade ekologického poľnohospodárstva produkovať prirodzeným spôsobom (spôsobom čo najbližším prírode). Preto sú v EP zakázané geneticky modifikované rastliny, zvieratá a pomocné látky.
Ekologické poľnohospodárstvo je založené na celostnom pohľade na prírodné systémy. Na organizmus nahliada ako na celok, a nie ako na zhluk génov. Úcta k živej bytosti má vysokú hodnotu.