V EP sa na hnojenie používa okrem hnoja a močovky tiež kompost a zelené hnojenie a do osevného postupu sú vhodne zaraďované strukoviny. Tým sa obmedzuje vyplavovanie dusíka do podzemnej vody (v EP o 40 až 64 % dusičnanov menej ako v konvenčne hospodáriacich poľnohospodárskych podnikoch).
V okolí ekologicky obhospodarovaných polí sú povrchové a podzemné vody menej znečistené prípravkami na ochranu rastlín. Tieto látky škodia tiež vodným živočíchom, a to aj v nepatrných koncentráciách (pod hranicou preukázateľnosti).
Ekologickí poľnohospodári nepoužívajú syntetické pesticídy a regulátory rastu. Rezíduá týchto látok znečisťujú podzemné vody.