Ekologicky obhospodarovaná orná pôda ukladá väčšie množstvo uhlíka do humusu. Tak sa obmedzuje nárast atmosférického CO2.
V dôsledku menšieho zaťaženia plochy hospodárskymi zvieratami sa znižuje produkcia amoniaku a tým aj ohrozovanie prírodných ekosystémov.
V ekologickom poľnohospodárstve sa menej hnojí dusíkom. Preto sa znižujú emisie dusíka vo forme N2O (oxid dusný). Tento plyn má 300krát vyšší účinok na klímu než CO2.